תוכנית מד"א היא ספינת הדגל של הפנימייה ומטרתה יצירת מרחב פעילות בו התלמידים של הפנימייה עוברים קורסים והכשרות ייעודיים לקראת התנדבות במד"א.
המסלול משלב בנוסף ללימודי הבגרות הרגילים התמחות במקצוע הביולוגיה.
תלמידים, המתחנכים בפנימייה, יקיימו בנוסף ללימודים אורח חיים עם אוריינטציה לחירום במד"א הכולל: פעילויות, הרצאות, אימונים, משמרות על אמבולנס, סיורים וקורסים.
התוכנית תפתח לילדים את החשיפה לעולם החירום והרפואה וכל זאת תוך שמירה על המסגרת הכפרית.
במסגרת הכפר פעולת תחנת מד"א הנותנת שירות לכלל תושבי האזור והמרחב ותלמידי הפנימייה מתנדבים ומנהלים את התחנה במהלך שנת הלימודים.
מבנה תוכנית ההכשרה:
כיתה ט' – פרחי מד"א -22 שעות , קורס חובשים 60 שעות.
כיתה י' – שנת התנדבות – פעילות קבועה אחת לשבוע על אמבולנס.
כיתה יא' – מנהיגות – הדרכה בקורס פרחי מד"א 22 וקורס חובשים 60 שעות והתנדבות על האט"ן.
כיתה יב '- הגשמה- ניהול תחנת מד"א באר יעקב, ריכוז הקורסים וההכשרות בבאר יעקב
קורס פרמדיקים לתלמידים שאינם ברי גיוס וגיוס לשירות לאומי משמעותי.

בלשונית של מנהיגות צעירה – בבקשה להוריד את נוער לתת ומנהיגות עסקית צעירה.
להשאיר את לשונית של קבוצת המנהיגות ולהוסיף לשונית – תוכנית הכנה לצבא

תוכנית הכנה לצה"ל- במסגרת פעילות הפנימייה פעמיים בשבוע נפגשים התלמידים ועושים אימוני כושר לקראת הגיוס לצבא. האימון מועבר על ידי מתנדבי שנת השירות בו התלמידים נהנים ועובדים קשה כדי להיות מוכנים לקראת הגיוס שלהם לצבא. לתלמידים הנבחרים מתקיים אימון נוסף- הסיירת- שמועבר לאחר האימון הרגיל של הכנה לצבא
במסגרת האימונים גם יוצאים תלמידי הכפר החוצה לאימונים בחולות ובדיונות כאן באזור.