עם הקמת המדינה אנשי אצ"ל, ראו כמשימה את יישוב המדינה העברית כשהחלה עליית ההמונים ושירת הנוער נשמעה ברחבי ארץ ישראל, פנו כמה מאנשי בית"ר למשימה חשובה – חינוך הנוער. שתי מטרות עמדו לפניהם: קליטת עליה ויצירת עתודה תנועתית של ממשיכי הדרך הרעיונית. על כולם מקובל היה שהחינוך הוא הדבר החשוב ביותר, שכן החינוך הוא הבסיס בניית העם. לאור אידיאולוגיה זו, יחד עם העשייה הכללית בארץ ישראל לקליטת העלייה הגדולה, הוקמה חוות הנוער על שם יוענה ז'בוטינסקי.
יוענה (גלפרין) ז'בוטינסקי נולדה באודסה בשנת 1884, גמרה את הפקולטה לחקלאות והוסמכה במהנדסת אגרונומית. בשנת 1907 נישאה לזאב ז'בוטינסקי והייתה שותפה נאמנה בדרכו הקשה. היא הלכה לעולמה בניו-יורק בשנת 1949 ונקברה לצד בעלה בקבר זמני, עד להעלאת עצמותיהם למנוחה באדמת ארץ ישראל. להנצחת זכרה נקרא על שמה כפר הנוער ע"ש יוענה ז'בוטינסקי.
בדצמבר 1948 הגיעה קבוצה ראשונה של חניכים עולים מהולנד לחווה בזכרון יעקב, עם סגירת החווה החניכים הועברו ליוענה ז'בוטינסקי ואליהם הצטרפו בינואר 1949 עוד 15 ילדים בגילאים שונים שהגיעו באונייה מרומניה 2 קבוצות אלו היו הגרעין הראשוני לחווה בבאר יעקב. לא עבר זמן רב ונוספו עוד קבוצות עולים מבולגריה ומתורכיה, כמאה נערים ונערות אלו היו בני המחזור הראשון בחוות הנוער יוענה ז'בוטינסקי.
באפריל 1949 גויס לכפר צוות הוראה והוקם בית ספר. הילדים למדו בכיתות רב גילאיות וברמות שונות, הם שובצו בכיתה מתאימה על פי רמת ידיעותיהם ובלי קשר לגילם. הם למדו עברית, מעט תורה, תולדות החגים, ספרות והיסטוריה. חניכים בעלי רמה גבוהה יותר למדו גם פיסיקה, מתמטיקה וכימיה בכדי להכינם למבחני גמר. בני הנוער חולקו לקבוצות חינוכיות, השתתפו בטיולים בעלי חשיבות היסטורית ותנועתית. מצבה הכלכלי של החווה היה קשה מאוד והכביד על פעולה תקינה של הצוות.
רבים ממקימי הכפר, וכן רבים מאנשי צוות ההוראה וההדרכה היו לוחמים ומפקדים באצ"ל. הם באו לחווה ב"צו התנועה" או במסגרת השל"ת. אידיאלים ומוטיבציה היו למדריכים ולמורים בשפע אולם רקע חינוכי פחות. תושבי הכפר כולם חניכים כמורים, השתייכו באופן זה או אחר לתנועת בית"ר והאמינו בדרכה.
בינואר 1951 היו בחווה כשבעים חניכים, ארבעים פחות משהיו ביום הפתיחה. מצב החווה היה קשה מאוד והוחלט על העברת החווה לנציבות בית"ר גוף בראשות מר פתחיה שמיר. מר שמיר מינה את מר שלמה אריאב, בית"רי מראשוני עלית הנוער, לנהל את החווה, יחד עם הגב' מרים גלזר, מנהלת בית הספר ואנשי הצוות האחרים עמל רבות בפיתוחה.
בשנת 1954 חברו יחד כמה גורמים שתרמו להתפתחות החווה: באותה שנה נוספו לחווה חלקות נוספות, החל בקידוח באר מים כדי לפתור את בעיית המים שהגבילה את התפתחות המשק החקלאי, מספר הילדים הלך וגדל והמשק התרחב. במקביל החלו לזרום תרומות, בעזרתן מבנה בית הספר החדש נחנך והוחל בבניית בית מגורים חדש. עד מהרה היתה החווה לכפר.
בשנים הראשונות לקיומה של החווה התקיימו בה הלימודים בכיתות ה – ו. במשך הזמן נפתחו בה גם כיתות ז,ח בוגרי כיתה ח' נשלחו להכשרה. בראשית שנות ה-60 אושרה תוכנית ניסיונית ונוספה כיתה ט'. עם התפתחות הכפר ושיפור התנאים, חל גידול ניכר במספר התלמידים לכדי 240 עובדה שאפשרה את המשך הלימודים במקום בכיתות בית ספר תיכון אשר במשך הזמן הפך לבית ספר תיכון ארבע שנתי. בבית הספר היו שתי מגמות עיקריות: חקלאית ומקצועית.
בשנת 1965 הוכלל בית הספר ברשת בתי הספר המקצועיים שמשרד החינוך מכיר בהם. בשנת 1966 הוחלט לקשור את הלימודים בבית הספר עם הקניית מקצוע מועיל שישמש את חניכי הכפר בשירותם הצבאי והוחלט להקים בשיתוף עם חיל האוויר בי"ס למקצועות התעופה. יש הרואים בשנה זו שנה של התחלה חדשה לכפר.
החל משנת 1968, כפר הנוער יוענה ז'בוטינסקי הפך למוסד ארבע שנתי המתמקד בלימודי חקלאות ומקצועות טכניים והתלמידים ניגשו לבחינות גמר ויצאו להתמחות כנדרש.
שנות השישים התייחדו בתנופת בניה של סדנאות ופנימיות חדשות. בפתיחת מגמות חדשות בשיתוף עם צה"ל: מכונאות מטוסי סילון ומכונאות ציוד קרקע, ובנוסף מגמת אגרומכניקה ומגמת סיעוד להכשרת אחיות. גם בתחום האומנויות והספורט הייתה פריצה של ממש: קבוצות הכדורגל והכדורסל היו לשם. גם חוג הדרמטי, המקהלה, להקת המחול ותזמורת כלי המיתר, והנשיפה.
חל משנת הלימודים תשנ"ז, (1996) בית הספר הפך למקיף שש – שנתי ונפתחה חטיבת ביניים עם לימודי מדעים מתוגברים.
