חדשנות פדגוגית במהותה היא מעבר להוראה-למידה הרואה בלומד אדם אוטונומי המעורב באופן פעיל בתהליך הלמידה. 

התכנית הפדגוגית בביה"ס מבוססת על המטרה לקדם את הלומדים ולקרבם לתפקודי הלומד במאה ה-21.  תפקודי לומד אלה כוללים את היכולת ללימוד עצמאי, מיומנויות אלבורטוריות (היכולת לקשר ידע קיים להקשרים חדשים), עבודת צוות, אחריות הלומד על הלמידה ואף יכולת לייצר ידע חדש.  כל זה מתוך אמונה ביכולות התלמידים והצוות והתאמת הלמידה לצרכי הלומד.

לצורך כך, הצוותים המקצועיים מפתחים תכניות ספציפיות באשכולות למידה במקצועות רבי מלל בחטיבת הביניים, בונים תכניות לקידום השפה העברית בקרב תלמידים עולים שסיימו את האולפן, ועובדים בקבוצות למידה במהלך השעורים.

הצוות החינוכי בונה את תכנית העבודה הבית ספרית, תוך דגש על שיתוף ושיפור מתמיד של דרכי ההוראה. עבודת הצוות כערך, באה לידי ביטוי הן ברמת העבודה עם התלמידים והן ברמת הפיתוח המקצועי של המורים במסגרת קהילת מורים מקצועית לומדת, המתמודדת במשותף עם סוגיות שונות העולות במהלך ההוראה והלמידה.